La Sociedad Española de Física Médica (SEFM) estructura parte de su actividad a través de comisiones especializadas formadas por profesionales expertos en distintas áreas de la física médica. Estas comisiones desarrollan recomendaciones técnicas, elaboran guías de buenas prácticas, impulsan iniciativas formativas y asesoran en cuestiones científicas y profesionales, contribuyendo al avance y a la calidad de la disciplina en el ámbito sanitario.
De acuerdo con el Art. 23 de los Estatutos de la SEFM, estarán constituidas con carácter permanente las siguientes comisiones: Comisión de Docencia, Comisión Científica, Comisión de Seguridad del Paciente y Comisión de Deontología y Asuntos Institucionales.